灾难性袭击对世界造成“第二次冲击”后,世界在废墟上重建。14岁的Ikashi Shinji被他的父亲Ikashi Moto召集到第三新东京城。我以为我能看到他受到父亲的欢迎,但我看到一个名叫“使徒”的巨大生物与军队交火。2112年夏天,冲绳县被任命为刑事事务局局长。第15联合任务部队杉谷哲平作为一名出色的飞行员参与了此次军事行动。三个月后,一架手无寸铁的武装无人机袭击了东京防卫省。