内容围绕着电子脑病毒的爆炸性前传作品《火》展开，这就引出了故事“壳牌移动团队的新剧场版。2029年1月，新奥滨市郊区发生了一起涉及飞机爆炸的恐怖袭击，Arakuchi领导的公安第九师收到了美国情报部门的联合搜查请求。事件嫌疑人推测是参与销售电子脑病毒和重新武装，通常被称为“纵火犯”。纵火恶魔是从卡特派来暗杀Mizuki上校的，追捕他的美国情报人员通过飞机爆炸的恐怖袭击将其杀害。草沙以水木为诱饵，设置了一个包围网来逮捕纵火恶魔。Day 2在激烈的电子脑大战中成功压制了纵火恶魔，但纵火恶魔的身份被发现与飞机失事现场发现的恐怖分子尸体信息一致！纵火恶魔是谁？在分析电子大脑的过程中，被排除在联合搜查之外的草剃小组被转移到了将Koji上校转移到美国情报部门的警卫处。然而，纵火犯成功逃脱，并杀死了设施内的所有技术人员，袭击了草剃小组。纵火犯的电子大脑中只剩下一个意志，那就是保护能让每个人进化的钥匙：火花。
在被奇迹般的现象石化了数千年之后，整个人类——一个拥有超人头脑的自然科学青年，千空，觉醒了。在文明被摧毁的石头世界，千空决定用科学的力量来恢复整个世界。
