然而这一切，只不过是从现在开始的大乱斗的序章而已！ 开始浮现的阴谋，交错的故事。暗中活动的黄金巨人的目的究竟是什么？！ 与《泽塔奥特曼》的故事相联结，新的奥特历史开始了！
值此危急时刻，公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音）率领队员巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等人迅速展开行动，与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队，还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相，在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事…… 本片根据士郎正宗的原作改编。
就这样，夜战穿梭于这片海岸和另一片海岸之间，与八百万神、为神、人和恶魔服务的“神器”一起生活在这个奇异的世界里。有一天，一个名叫一弘（上田正鲁配音）的普通初中女孩意外地嫁给了一场夜战，并养成了一种奇怪的体质——她的灵魂和身体很容易分离。日和要求夜战解决自己的问题，但夜战担心下属没有“神器”。不久之后，亚豆的命定神器出现了，亚豆给它起了雪音的名字（由Kaji Yugui配音）。。。这部动画改编自安达杜嘉创作的同名漫画。
