富士山下的小村庄正在进行热闹的祭典,突如其来的山火却让人们陷入恐慌之中,而天文学家白石良一(平田昭彦 饰)则在混乱中失踪。不久,当地发生滑坡、天坑等离奇事件,更有一个巨大、恐怖的机器人出现,对周遭城镇进行大肆破坏。
华冈奇英(Mibo Hamanabe饰)和她的母亲曾经一起住在古老的点心店光月寺。她和青梅竹马的光月寺继承人高月淳(横滨流星饰)是第一对恋人。
幕府时代末期,外忧外患,山川动荡。人民的生活很艰难,他们的生命不断受到威胁。年轻的心太被他善良纯洁的心所打动,成为了飞天剑流的大师。他被他招募来学习剑术,并改名为剑心。