故事开始于第一季的七年后。高达模型的战斗规则已经进行了改革,使其在战斗中更受欢迎。尽管易志诚和凌斯获得了世界大赛第七届dare模特大赛的冠军,但这也给学校的盛峰学园带来了很多荣耀。
11岁时,一个名叫Ashikaga Taichi(藤田淑子配音)的小男孩与他的朋友石田大和(Kazuma Yuko配音)、武内空子(Mizuya Yuko配音。然而,他出乎意料地神秘地被带到了一个五彩缤纷的数字世界。在那里,他们找到了一个叫“数码宝贝”的伙伴。进入数字世界后,八神太乙和他的同伴们遇到了凶猛的怪物贝壳兽。就在所有人都快要被抓住的时候,太一的古老野兽突然进化成了霸王龙并救了他们。进化究竟是如何对事件做出反应的?什么是数字世界?无数的谜团出现在被选中的孩子面前,激动人心的冒险就这样开始了
两个小家伙信以为真,正先恐后向魔神城进发,期间克林还为小悟空制造不少的麻烦。历经千辛万苦,他们终于来到了目的地。与此同时,布玛、乐平、普尔和乌龙来找武天老师玩,得知消息后也赶往魔神城寻找小悟空,途中却遭到恶魔们的袭击,布玛更被看似英俊实则凶残的恶魔城主路西法俘虏。 此时此刻,恶魔们正在进行一项邪恶的计划,小悟空他们能否拯救危机呢?