Wille指示Akira(由Yuko Miyamura配音)和Shinri(由Masayama Sakamoto配音)夺回被封在卫星轨道上的Choku飞船和Hina Shinji(由Keimei Ogata配音),但Shinji被绝对禁止登上Choku飞船。无知的真嗣感受到了周围的敌意,跟随Ayanami(由Hyumi Lin配音)登上了突然入侵的9号航班,回到了千疮百孔的NERV总部。在这里,他意外地与朝思叶心目中的Ayanami重聚。他还从父亲那里得知,他将与漂亮的年轻人石田正久一起驾驶第13架飞机。时隔14年,其间的沧桑和情感纠葛让真嗣不知所措。看似温和的长崎为他揭示了各种不可思议的真相。。。这部电影是长荣新剧场版三部曲的第三部。
上世纪中叶,漆黑阴森的湘南特别少年院二舍六房迎来了新的住客:因伤害罪和杀人未遂被捕的水上真理雄(小栗旬 配音)、强壮孔武的远山忠义(黒田崇矢 配音)、偷窃欺诈成性的前田升(朴璐美 配音)、有着异国英俊面容的横须贺丈(羽染達也 配音)、酗酒暴力的怪力男松浦万作(脇知弘 配音)以及狡诈精明的野本龙次(藤原啓治 配音)。黑暗的过去,悲伤的童年,让这群少年的未来充满绝望。幸运的是,二舍六房的前辈樱木六郎太(小山力也 配音)担当起教育少年们的责任,在芜杂的战后日本社会以及混乱黑暗的少管所内,樱木带着6名少年朝着光辉的梦想矢志不移前进…… 本片根据安部让二的同名漫画原著改编(漫画家柿崎正澄但当作画)。